Dansk Akvarie Union er organiseret med en bestyrelse, der består af formand, næstformand/kasserer samt en sekretær. Bestyrelsen forestår unionens aktiviteter.

Herudover er der nedsat en række udvalg, der varetager specifikke løbende opgaver.

De tilsluttede foreninger/-klubber kan efter egne ønsker indgå i et nærmere regionalt samarbejde.